財團法人台灣賽珍珠社會福利基金會曾獲得諾貝爾及普立茲兩大文學獎之美國知名女作家賽珍珠女士(Pearl S. Buck)於1964年在美國創立賽珍基金會，其宗旨為幫助世界上未被妥善照顧而亟待救援的兒童，並陸續在亞洲六個國家成立分會，展開救助亞美混血兒工作。
台灣分會於民國57年成立，一直在美國總會的經援下幫助居住在台灣、清寒困苦的混血兒。隨著在地化的全球趨勢，台灣分會募足獨立立案基金，於民國86年11月成立「財團法人臺北巿賽珍珠基金會」。
民國88年起，本會開始注意到新移民的人數在台灣日漸增多，語言溝通困難及文化差異更使跨國聯姻家庭產生許多衝突。本會基於過去卅五年服務跨國聯姻家庭的經驗，民國89年開始為新移民及其家庭提供系統性、整全性的服務。