財團法人石材暨資源產業研究發展中心李前總統登輝於民國79年巡視東部時，感受東西部經濟均衡發展的必要性，提出「產業東移」政策；財團法人石材工業發展中心於民國81年8月成立籌備會，由經濟部工業局、台灣區石礦製品工業同業公會及石材業共同捐助基金4千萬元成立，為東部唯一法人研發單位。
近年來面臨國內建築業不景氣，以及台灣加入WTO所面臨中國大陸石材製品開放進口的衝擊，石材業朝國際化、高值化轉型，石材中心也因應產業轉型調整階段性任務，並不斷擴大服務領域。
95年1月獲經濟部施顏次長指示，將東部的深層海水資源產業列為石材中心未來應發展的第二核心及建議更名，並於95年5月正式更名為「財團法人石材暨資源產業研究發展中心」並擴充軟、硬體設施，以既有石材相關技術能量為基礎，積極研發深層海水應用技術，近年石資中心亦跨足第三核心-文化創意產業，結合各界能量，投入東部各項特色及潛力產業的發展。
石資中心除中心母體外，另設有東區創業創新服務中心、中小企業創新育成中心，並於工研院共同組成設立東部產業技術服務中心。東創中心及育成中心運用石資中心母體的研發創新能量，提供有意投入東部特色產業的新創企業或創新業者，一個完善的產業培育空間，推動能源開發、水產養殖、農業栽培、食品、醫療、美容、健康文化創意及觀光休閒產業…等多元化廠商進駐，創造三贏的推動模式。東部產業技術服務中心透過產業服務團隊的輔導，並納入傳統產業創新聯盟能量，建構完成東部特色產業業科技關懷平台，以應用產品開發服務與創新技術發展方式，協助東部傳統產業創新價值，推動在地特色產業形成產業聚落並轉型升級。
另外，本中心於台東縣知本地區「經濟部深層海水低溫利用及多目標技術研發模廠」，目標成為東部地區深層海水產業的研發育成中心，並且將進行深層海水多元化利用的相關技術研發，包括深層海水珍稀元素萃取、冷能利用開發、低冷精緻農業暨特色中草藥、功能性藻類及高經濟水產生物培育等相關生技研發項目，並結合學術機構與業界技術能量以進行試量產實驗為目標，預期將大幅提升東部深層海水研發能量。